He tenido un problema similar en el pasado, así que estoy ansioso por ver una solución a esta pregunta. El comentario de Aaron Bertrand sobre el OP condujo a La consulta se agota cuando se ejecuta desde la web, pero superrápida cuando se ejecuta desde SSMS , y aunque la pregunta no es un duplicado, la respuesta puede muy bien aplicarse a su situación.
En esencia, parece que SQL Server puede tener un plan de ejecución en caché corrupto. Está teniendo un mal plan con su servidor web, pero SSMS aterriza en un plan diferente ya que hay una configuración diferente en el indicador ARITHABORT (que de otro modo no tendría impacto en su consulta/proceso almacenado en particular).
Consulte ADO.NET llamando al procedimiento almacenado T-SQL provoca una SqlTimeoutException para otro ejemplo, con una explicación y resolución más completa.
