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Cómo consultar una tabla SQL y eliminar filas duplicadas de un conjunto de resultados

Si las filas son realmente distintas en cada columna, puede usar SELECT DISTINCT .

Como está usando SQL Server, también puede usar row_number() para devolver una fila para cada ThreatId :

select ThreatId,
  ThreatTopClient,
  ...
from
(
  select ThreatId,
    ThreatTopClient,
    ...,
    row_number() over(partition by ThreatId order by ThreatMLSeq) rn
  from xThreatCA
  where ThreatMLSeq <> N'' 
    and ID <> 0
) d
where rn = 1
order by ThreatMLSeq