¡Se puede hacer! Sin embargo, debe configurar SSMS específicamente para usar la salida citada, porque por alguna tonta razón, no es el valor predeterminado.
En la ventana de consulta que desea guardar vaya a Consulta -> Opciones de consulta...
Marque la casilla "cadenas de comillas que contienen separadores de lista al guardar resultados .csv".
entonces
select 'apple,banana,cookie' as col1,1324 as col2,'one two three' as col3,'a,b,"c",d' as col4
saldrá
col1,col2,col3,col4
"apple,banana,cookie",1324,one two three,"a,b,""c"",d"
que es lo que todos queremos.
