Supongo que (como han señalado otros) realmente no desea un cartesiano en esta actualización, por lo que agregué una "id" a la consulta, por lo que tendrá que hacer algunas modificaciones, pero esto podría llevarlo al camino correcto.
;with temp as (
select a.id, SUM(a.pazartesi - b.kota) as newTotal
from [asgdb01].[dbo].[info] a join [asgdb01].[dbo].[kota] b
on a.id = b.id
where a.work_type='in' and a.name='alp' )
update a
set fm = t.newTotal
from [asgdb01].[dbo].[info] a join temp t on a.id = t.id