Esta pregunta y, por lo tanto, mi respuesta pueden estar cerca de la línea gris de lo subjetivo, pero al menos creo que sería una práctica común separar las tablas de 'administración' en su propia base de datos para lo que parece que estás haciendo. Si puede vincular un cliente a un servidor específico y una instancia de base de datos, al tener instancias de base de datos separadas, abre algunos caminos fáciles para agregar servidores para agregar clientes. Un solo db requeriría que hagas monos con varios enfoques de agrupamiento si te vuelves demasiado grande.
[editar]Incorporar la idea desde el principio de que cada cliente obtiene su propia base de datos también establece el tono de cómo se desarrolla cuando es fácil realizar cambios estructurales y organizativos. Descubrir que dentro de 2 años debe hacerlo será mucho más doloroso. He trabajado con bases de datos divididas muchas veces en el pasado y realmente no es difícil de manejar siempre que pueda establecer una idea de cuál es el contexto. Aquí parece que ya tienes la idea de que el cliente es el contexto.
Solo mis dos centavos, como dije, podrías ser casi subjetivo en este caso.
