Puede que esto no sea lo más eficiente, pero crearía una tabla temporal para contener los resultados del proceso almacenado y luego la usaría en una combinación con la tabla de destino. Por ejemplo:
CREATE TABLE #t (uniqueid int)
INSERT INTO #t EXEC p_YourStoredProc
UPDATE TargetTable
SET a.FlagColumn = 1
FROM TargetTable a JOIN #t b
ON a.uniqueid = b.uniqueid
DROP TABLE #t