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¿Cómo configurar 'comenzar con' de la secuencia para seleccionar el resultado de la consulta en el servidor SQL?

No parece que pueda declarar una cantidad variable en la sintaxis. Sin embargo, puede envolverlo en un EXEC declaración, así:

DECLARE @max int;
SELECT @max = MAX(i_item_sk)
     FROM item

exec('CREATE SEQUENCE item_seq 
    START WITH ' + @max +
'   INCREMENT BY 1;')

select * from sys.sequences