Puede deshabilitar y habilitar los índices. Tenga en cuenta que deshabilitarlos puede tener efectos secundarios no deseados (como tener claves primarias duplicadas o índices únicos, etc.) que solo se encontrarán al volver a habilitar los índices.
--Disable Index
ALTER INDEX [IXYourIndex] ON YourTable DISABLE
GO
--Enable Index
ALTER INDEX [IXYourIndex] ON YourTable REBUILD
GO