Bueno, finalmente respondo mi propia pregunta:no es posible usar la autenticación de Windows desde una máquina Linux usando el controlador JDBC de Microsoft. Esto es posible usando el controlador JDBC jTDS usando la siguiente cadena de conexión:
jdbc:jtds:sqlserver://host:port;databaseName=dbname;domain=domainName;useNTLMv2=true;
Gracias a todos por todos los comentarios
