¿Cómo agrego una clave principal de incremento automático en la base de datos de SQL Server?

Se puede hacer en un solo comando. Debe configurar la propiedad IDENTITY para "número automático":

ALTER TABLE MyTable ADD mytableID int NOT NULL IDENTITY (1,1) PRIMARY KEY

Más precisamente, para establecer una restricción de nivel de tabla con nombre:

ALTER TABLE MyTable
   ADD MytableID int NOT NULL IDENTITY (1,1),
   CONSTRAINT PK_MyTable PRIMARY KEY CLUSTERED (MyTableID)

Consulte ALTER TABLE e IDENTITY en MSDN