Encontré exactamente el mismo comportamiento:
Utilizo Oracle XE y MS SQL Server Express en mi PC con Windows 7 de 64 bits:actualicé a Java 1.6.0_29 desde 1.6.0_27 (la versión x64) y me sorprendió ver que los mismos programas podían conectarse a Oracle XE pero no a MS SQL Server...
Localicé el problema en javax.sql.DataSource.getConnection()
donde estuvo colgando para siempre, porque esto es solo una interfaz, los controladores jdbc levantaron mi sospecha...
Estoy usando el controlador JDBC de MS SQL Server 3.0.1301.202 e incluso actualicé a SQL Server CTP (la "vista previa técnica de la comunidad") 4.0.1722.1 porque sospechaba que tenía que hacer algo con el controlador jdbc, pero no tuve éxito. :¡todavía colgando!
Mi solución fue cambiar a la versión 1.6.0_27 y -- bang:¡todo volvió a estar bien!
Saludos cordialesErich