Simplemente cambie el SqlCommand.CommandText
en lugar de crear un nuevo SqlCommand
cada vez. No es necesario cerrar y volver a abrir la conexión.
// Create the first command and execute
var command = new SqlCommand("<SQL Command>", myConnection);
var reader = command.ExecuteReader();
// Change the SQL Command and execute
command.CommandText = "<New SQL Command>";
command.ExecuteNonQuery();