Asignación de claves compuestas utilizando primero el código EF

Definitivamente necesita poner el orden de las columnas, de lo contrario, ¿cómo se supone que SQL Server sabe cuál va primero? Esto es lo que tendría que hacer en su código:

public class MyTable
{
  [Key, Column(Order = 0)]
  public string SomeId { get; set; }

  [Key, Column(Order = 1)]
  public int OtherId { get; set; }
}

También puede ver esta pregunta SO. Si desea documentación oficial, le recomendaría consultar el sitio web oficial de EF. Espero que esto ayude.

EDITAR:Acabo de encontrar una publicación de blog de Julie Lerman con enlaces a todo tipo de bondades de EF 6. Puedes encontrar lo que necesites aquí.