Hay principalmente dos formas de usar JDBC:usar la autenticación de Windows y la autenticación de SQL. La autenticación SQL es probablemente la más fácil. Lo que puedes hacer es algo como:
String userName = "username";
String password = "password";
String url = "jdbc:sqlserver://MYPC\\SQLEXPRESS;databaseName=MYDB";
Class.forName("com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver");
Connection conn = DriverManager.getConnection(url, userName, password);
después de agregar sqljdbc4.jar a la ruta de compilación.
Para la autenticación de Windows, puede hacer algo como:
String url = "jdbc:sqlserver://MYPC\\SQLEXPRESS;databaseName=MYDB;integratedSecurity=true";
Class.forName("com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver");
Connection conn = DriverManager.getConnection(url);
y luego agregue la ruta a sqljdbc_auth.dll como un argumento de VM (aún se necesita sqljdbc4.jar en la ruta de compilación).
Eche un vistazo aquí para obtener una breve guía paso a paso que muestra cómo conectarse a SQL Server desde Java usando jTDS y JDBC en caso de que necesite más detalles. ¡Espero que ayude!